北京肿瘤医院胸外科目前有床位66张，分两个病区，胸外一科有职工39人，其中医生10人，护士31人。医生正高职3人， 其中教授1人，主治医生4人，住院医生1人，有6名医生具有博士学位，主任医师均具有国外留学经历。
胸外二科是以胸部肿瘤外科诊治为主的临床科室，是在1976年建所初期成立的胸部肿瘤外科专业组和1995年建院后成立的肿瘤外科第六病区的基础上发展起来的。目前设立床位33张，医护人员35人，其中医师14人，护士21人。医师中正高职3人，副高职2人，主治医师6人，住院医师3人，有11位医师具有博士学位，副高职以上医师均具有国外留学经历。胸外二科现有博士研究生导师2人，硕士研究生导师2人，另配有助理研究员2人，杨跃主任医师为现任科室主任，周秀耕主管护师为护士长。胸外二科门诊年诊治全国各地患者12000例以上，病房年手术量近600台。科室集医、教、研于一体，以肺癌和食管癌的临床诊治为重点，同时积极开展对于纵隔肿瘤、胸壁、胸膜及软组织肿瘤的临床诊治工作。胸外二科目前负责国家自然科学基金、国家“十二五”项目、北京大学“985工程”临床医院合作专项等多项在研课题，共计研究经费2479万元，现面向全国招收访问学者、长短期进修医师及硕博士研究生，欢迎广大学者来科室交流学习。
胸外科副主任张力建教授是中国医师协会胸外科分会常委，北京胸心外科学会常委，中国抗癌学会肺癌专业委员会委员。胸一科主任陈克能主任医师为中国抗癌学会食管癌专业委员会委员。胸二科主任杨跃主任医师为中华医学会北京分会胸外科营养专业委员会委员。
胸外科团队在医院领导及兄弟科室的帮助下，医疗，科研，教学等方面工作取得长足进步。近五年来，发表论文数十篇，其中SCI论文8篇。06年门诊8941人次，全科完成手术564例，其中绝大多数为较为复杂的大型手术。包括：肺癌手术中气管及支气管袖状成形手术，肺血管成形，及隆突瘤切除重建术，食管癌根治及各种消化道重建术，纵隔巨大肿瘤切除及血管移植成形手术，电视胸腔镜肺癌，食管癌，纵隔肿瘤切除术，电视纵隔镜淋巴结切除活检术，其技术居国内先进水平。
