300平方米的临床病理实验室，及独立解剖室和二期的将近1000平米的分子病理实验室。临床病理实验室拥有自动化先进的常规病理仪器设备和空气净化系统。主要任务是通过对取自人体的组织(手术切除，活检)和脱落细胞进行大体和镜下病理学检查，特别是通过显微镜下观察组织和细胞的形态和结构，必要时辅以免疫组织化学染色，特殊染色以及分子检测来对疾病特别是肿瘤做出诊断，确定疾病的性质，明确肿瘤的分类，提供预后和预测指标，为病人的治疗提供依据。病理科除承担医院每年门诊、住院患者各类标本的组织和细胞学病理检查诊断外，还为外院病人提供疑难病理的会诊服务。
建院初期（500张病床），病理科编制为9人，其中医师5名，技师4名。病理科现有工作人员7名，副主任医师1名，住院医师2名，技师4名。医师均为硕士以上学历，其中博士2名，技师为本科以上，其中硕士1名。其余人员正在招募中。预组建一支梯队合理、技术过硬的精锐之师。
病理科科内每天举行疑难病理讨论会，实行严格的质量控制，以患者至上，质量第一，严谨细致，兢兢业业，精益求精的理念和作风，为病人提供高质量的病理诊断服务。.
病理科目前拥有硕士研究生导师1名，研究方向为淋巴造血及消化道肿瘤的发病机制。
病理科将承担清华大学医学院本科生的教学工作。此外，该科将全年定期组织科内教学活动，请国内、外病理学知名教授前来讲学。定期参加多学科查房，充分体现以病患为中心的同时，也为年轻医生提供更多学习的机会。待时机成熟申报北京市和国家病理专科住院医师培训基地。
临床病理实验室拥有空气净化系统和自动化先进的常规病理仪器设备，包括自动脱水机、包埋机、全自动染色机、封片机、全自动免疫组化染色机等。病理科实行信息化管理，并拥有密集式存储柜储存蜡块、切片及档案。
