北京清华长庚医院呼吸科正式组建于2014年，在组建过程中得到了台湾长庚纪念医院胸腔内科部的鼎力支持，建立了一支高水平的医疗队伍，引进了具有世界领先水平的仪器设备，成为了一个现代化、高科技化的科室。涉及疾病种类涵盖呼吸系统各种常见、疑难和危重症疾病。为保证门诊质量，常规门诊由本科主治医师以上出诊。
北京清华长庚医院呼吸科检查室位于医疗大楼一层东北侧，邻呼吸科门诊，可为患者提供电子支气管镜检查、气管内组织活检、超声支气管镜检查、超声内镜引导下经支气管针吸活检（EBUS-TBNA），普通肺功能、肺通气换气及可逆功能等各项检查和治疗。目前检查室配备了日本OLYMPUS公司先进的电子支气管镜查套设备两套，超声支气管镜检查设备一套，同时配有普通肺功能检查机及肺可逆功能检查机各一台，以确保患者的需求。
北京清华长庚医院呼吸科以成为国际一流的呼吸疾病中心为愿景，以提供高质量的医疗服务为使命，以以人为本，勤奋创业，和衷共济，合作共赢为价值观，全员努力共同建设。将贯彻“以人为本，病患优先”的服务理念，强化医疗品质的管理，致力于持续为病患提供体贴和可信赖的医疗服务。同时，本科室将遵循清华大学建设高水平临床医院的要求，继续广纳海内外优秀人才，强化与其它学科间及国内外机构间的交流合作，齐心合力，人尽其才，努力实现跨越式的学科发展。
