北京协和医院在1955年成立中医办公室，1961年正式命名中医科，当时由著名中西医结合专家史济招教授担任科室负责人。曾聘请北京四大名医之一施今墨，著名中医学家任应秋、陈慎吾、钱淇光、李重仁等为顾问。1979年聘请北京四大名医施今墨的入室弟子著名中医祝谌予作为中医科主任。几十年来全科以中西医结合为学科建设和发展的主要方向，积极全面开展医教研工作，培养了大批的中西医结合的骨干人才。2002年成为北京市综合性医院示范中医科;2007年被批准为十一五期间北京中西医结合糖尿病特色诊疗中心和国家中医药管理局重点糖尿病专科;2007年被评为全国综合型医院中医药示范单位;2009年被评为北京协和医院先进集体。
中医科历届科主任都非常重视学科建设和人才培养，学科带头人都能够站在学科的前沿。史济招教授是中医科第一任主任(1961年～1979年)，是第二批全国老中医药专家学术经验继承工作指导老师，获全国中西医结合三十年贡献奖，享受国务院颁发的政府特殊津贴，曾任中国科协中医组委员、卫生部科学技术委员会委员、中西医结合研究会常务理事等社会兼职，在科室的建设和实验室的创立方面倾注了大量的心血。祝谌予教授是中医科第二任主任(1979年～1985年)，是全国第一批老中医药专家学术经验继承工作指导老师和协和名医，获国务院颁发的政府特殊津贴。他潜心研究中医理论，师古而不泥古，创新而不离宗，他提出的糖尿病血瘀证学术思想及活血化瘀治疗糖尿病的方法独树一帜，引领中医、中西医结合糖尿病学科发展的方向。张育轩教授是中医科第三任主任(1985年～1989年)，获全国“中西医结合三十年贡献奖”，享受国务院颁发的政府特殊津贴，曾任中国中西医结合学会北京分会理事会理事、中国中西医结合学会消化系统疾病专业委员会副主任委员等职，长期从事中西医结合肝病的研究，参加联苯双酯治疗慢性肝炎的临床研究，先后获得卫生部科技成果奖、国家发明三等奖等。钱自奋教授曾任中医科第一副主任(1989年～1991年)中国中西医结合学会北京分会活血化瘀委员会副主任委员等职，在血液流变学方面有较深入的研究，曾获北京协和医院科技成果三等奖。郭赛珊教授是是中医科第四任主任(1991年～2002年)，第三批全国老中医药专家学术经验继承工作指导老师和中央保健会诊专家，获全国中西医结合三十年贡献奖、全国首届中医药传承特别贡献奖及北京协和医院突出贡献奖，享受国务院颁发的政府特殊津贴，曾任北京中西医结合糖尿病专业委员会主任委员、中国中医药学会北京糖尿病学会副主任委员等职，在治疗糖尿病及其慢性并发症方面做出了较大的贡献，获北京市科技成果、教学成果奖等多项。现任科主任梁晓春教授(2002年～至今)是祝谌予教授的研究生，曾获全国中西医结合优秀中青年科技工作者、北京市教育创新标兵、北京市首届群众喜爱的中青年名中医、全国首届杰出女中医师、北京市卫生系统先进个人及北京协和医院科研先进个人一等奖等。目前担任中国中西医结合学会常务理事、中国中西医结合学会内分泌代谢病专业委员会副主任委员、北京中西医结合学会糖尿病专业委员会主任委员等兼职。
医疗方面：1978年以来中医科设有肝病、糖尿病、不育症、男性性功能障碍、冠心病、高脂血症、乳腺增生、风湿免疫病专业组。院内制剂有五味养肝丸(肝炎6号)、益气生津活血胶囊(降糖中药片)、筋脉通(周围神经炎片)、仙贞片、宁脂胶囊(降脂中药片)、优育冲剂、软坚冲剂、活血片等20余种。截至2011年，中医科日门诊量近500人次，年门诊量达11万人次以上。约50%为疑难病症的外地患者。针灸门诊年治疗量达到19000人次以上，采用多种针法、火罐、穴位贴敷等方法治疗内、外、骨、妇、神经、儿、皮肤、耳鼻喉等科的相关病症。病房床位20张，年收治病人近450人次。以收治糖尿病及其慢性并发症、脑血管病为主，兼顾呼吸系统、消化系统、心血管系统等适合中西医结合治疗的疾病。病历书写在北京协和医院名列前茅，多次在北京协和医院和中国医学科学院北京协和医学院的病历评比中获奖。积极开展辨证施护，被评为“全国中医特色护理优秀科室”。无医疗纠纷和医疗事故发生。历年病人满意度调查均在94%以上。科室还承担全院各病房的中医和针灸会诊，年会诊1400人次以上。
教学方面：中医教研室承担北京协和医学院、协和护理学院的《中医学》教学工作;并承担北京中医药大学毕业生的实习任务、进修生和外国留学生的中医临床教学任务、中西医结合博士、硕士研究生和“西部之光”等的培养任务以及国家中医管理局的师承工作。2009年《中医学》课程被评为北京协和医学院精品课程。近10年来，共培养博士生14名、硕士25名、师承人员6名。多次获得北京协和医院教学先进集体。曾获北京市高等教育委员会教学成果二等奖。现承担北京协和医学院教育改革项目等教育教学科研课题2项。
在院校的领导和支持下，中医科将继续以中西医结合为学科建设和发展的主要方向，在继承和发扬传统医学的同时，努力加强学习现代医学，做到“勤求古训，融会新知，内强素质，外树形象”;继续弘扬“严谨、求精、勤奋、奉献”的协和精神，不断提高医教研及护理水平，做到“服务好、质量好、医德好、群众满意”;积极培养人才，做好梯队建设，加强对外交流，把北京协和医院中医科建设成为全国综合性医院的一流科室。
中医科现有医护人员40名。其中教授6名、副教授7名、主治医师9名、住院医师6名，主管护师5名、护师7名;具有博士学位者6名，硕士学位者9名。现有博士生导师3名、硕士生导师5名。
