建设高水平的眼科医疗中心是清华大学第一附属医院学科建设的重要内容之一。眼科始终秉持这一原则，致力于为广大眼病患者提供优质的眼科医疗服务。眼科周一至周日全天均开设普通门诊，并开设24小时急诊，目前拥有病床4张。眼科全年的门急诊量超过35000人次，完成大小手术3000余例/年。
多年来，眼科通过科研带动科室临床医疗的发展，逐渐形成了自己的专业特色。
1.白内障手术治疗：白内障是我国最主要的致盲性眼病。眼科拥有先进的美国Alcon公司的Laureate超声乳化仪和Moller手术显微镜，能够熟练开展白内障摘除联合人工晶体植入术。手术时间短，视力恢复快，远期视觉质量控制好。
2.青光眼的诊治：青光眼是我国首要的不可逆性致盲性眼病。2007-2011年，眼科邹燕红医生承担并完成了清华裕元医学科学基金支持的“原发性闭角型青光眼房角和视神经损害的研究”。目前科室拥有HUMPHREY电脑视野仪，眼科超声生物显微镜，TOPCON光学相干断层扫描仪，OPTIMIS YAG眼前节激光等青光眼诊疗设备。眼科在青光眼的早期诊断、早期治疗，复杂疑难青光眼的药物、激光、手术治疗方面均处于国内一流水平。同时，每年定期开展青光眼患者科普宣教活动，让患者与医务人员一起对战青光眼这个隐形视力杀手，争取保持终生有用的视力。
3.糖尿病视网膜病变的诊治：随着我国糖尿病患病率的逐年升高，糖尿病视网膜病变已成为重要的致盲原因。清华大学第一附属医院眼科的研究显示双眼视力均小于0.3的糖尿病患者，导致他们视功能损伤的首要原因为糖尿病视网膜病变。社区糖尿病患者经过筛查，有近1/3的患者需要转介眼科进一步诊治。眼科具备眼科AB超，Kowa Rc-xv3眼底荧光血管造影仪，TOPCON光学相干断层扫描仪和眼底照相机，蔡司532半导体激光等眼底诊疗设备，可以很好地开展糖尿病视网膜病变及其他眼底病变的诊疗工作。眼科正在积极引进新的设备，拓展眼底外科的手术能力。
4.早产儿视网膜病变筛查：清华大学第一附属医院是朝阳区高危、重症新生儿救治中心。五年来眼科为数百名早产儿进行了眼底筛查，无一漏诊、误诊。
5.泪器病专业：眼科积极发展泪器相关眼病的诊疗。
6.视觉康复专业的建设：针对视功能不可逆损伤，眼科与挪威、加拿大等国际视觉康复研究者合作，积极建设视觉康复专业。相关研究工作将为因病视力损伤的患者带来新的希望。
