病理科属四大医技科室之一，主要从事人体活体组织病变性质的诊断及鉴别诊断，是为患者及临床医师提供最后诊断的科室。
1978年建立科室以来，已有近40年建科历史，现位于北京怀柔医院住院楼三层西侧，科室总面积 396 平方米，至今已完成活体组织检查病例近9万例，脱落细胞学检查10万余例，2014年全年外检量6262例，细胞学涂片9236例，冰冻333例，基因诊断6288例，细针穿刺527例。积累了完整的病理资料，建立了完善的病例资料库。为全区规模最大的病理科室。
三、开展的工作项目：
1.常规病理诊断及鉴别诊断
2.组织化学病理诊断
3.细针穿刺细胞学病理诊断
4.宫颈液基细胞学薄片技术及诊断（TCT）。
5.基因病理学诊断（PCR）：乙型肝炎病毒定量检测、人乳头状瘤病毒定性及定量分型等。
6.脱落细胞学病理诊断（胸水、腹水、尿液、痰、分泌物）
7.术中冰冻诊断（手术中快速明确病变性质，指导临床医师决定手术方式及范围）
8.成人及婴儿尸体解剖（北京市在怀柔区唯一授权具有尸检资格单位）
四、人员配置及梯队建设
病理科分为病理诊断组及技术组，现有医师及技术人员共13人，科室设行政主任一人。其中诊断组有主任医师一人，副主任医师一人，主治医师2人，三年住院医培训两人；技术组主管技师一人，技师三人，分管病理科日常工作。
