北京大学第三医院普通外科的前身是北京医学院第三附属医院外科教研室，成立于1958年，普外负责人为张挽华。20世纪80年代初，普通外科成为独立科室，第一任主任为张挽华教授。20世纪90年代初，普通外科划分为几个相对固定的专业组：胆道组、肝胰组、胃肠组、血管组和门脉高压组，1991年普通外科成立了腹腔镜专业组，1994年成立了腹腔镜培训中心，1999年设立肛肠病专业组，2003年成立乳腺病专业组，2007年联合消化科、肿瘤治疗中心成立消化疾病中心，2008年成立首个疝外科微创治疗全国培训基地。普通外科现有正高职称医师15名，副高级职称医师10名，中级职称医师14名，床位由建院初期的40张扩大为现在的123张。
普通外科建院以来即作为重点科室得到良好的发展。60年代开始，在曾任全国胆道外科学组组长周孝思教授的领导下，胆道外科在胆结石基础研究和临床治疗、肝内胆管结石的手术治疗、胆道内镜、胆道肿瘤的综合治疗等方面在国内有较高地位，取得了一系列的科研成果，多次获得卫生部和北京市的科技进步奖。
1978年，张挽华教授在国际上首创肠腔静脉侧侧分流术（直接吻合）治疗门脉高压症，于1981年获北京市科学技术委员会科技成果二等奖。周孝思教授的科研成果“胆色素结石的成因和溶石碎石药物探索”获1980年北京科学技术委员会科技成果三等奖；“胆汁酸盐在胆色素结石形成中的作用” 获1988年卫生部科学技术进步二等奖和1988年北京市学术奖； “色素型胆结石的组成、结构、生理机理的研究”获1988年国家教委科学技术进步二等奖； “分子光谱研究生物分子，生物医学及其应用”获2001年教育部中国高校科学技术奖一等奖。
1991年，普通外科率先在国内开展腹腔镜胆囊切除术， 1993年成功完成了国内首例腹腔镜直肠癌根治术,至今已施行腹腔镜胆囊切除术近万例.在此基础上，开始在腔镜下进行结直肠癌切除、疝修补、肝脏切除、食道裂孔疝修补、胃癌根治切除，甲状腺腺叶切除，胆总管切开探查等手术。目前尤其腹腔镜结直肠癌根治术及胃癌根治术均在国内居领先地位。
90年代中期，首创了保留Oddi括约肌功能的肝胆管整形术治疗肝内外胆管结石。2005年成功完成了国内首例腹腔镜胰体尾切除术。
普通外科2000年7月开始临床肝移植工作。8年来共进行肝移植200余例。依靠三院雄厚的整体实力，术后1年存活率为88％，5年存活率为76％，居国内领先地位。30％病人术中无需输血，并于2007年成功完成三例亲体活体供肝肝脏移植。
2008年，普通外科在北京市综合医院中率先设立了快速康复病房。几年来，在没有增加床位的情况下，快速康复病房收治了大量甲状腺，胆囊及腹股沟疝等常见病，极大程度上解决了周边群众看病难及看病贵的问题。
