北京大学第三医院血液科是教育部和医院的重点学科之一，目前共有床位53张，医护人员及实验技术人员40余人。主要收治各类血液病，特别是血液淋巴系统恶性肿瘤，如：各种急、慢性白血病，淋巴瘤，多发性骨髓瘤等，恶性淋巴瘤的诊断治疗及造血干细胞移植是我科特色。2009年我科建立了北京大学第三医院淋巴瘤诊治多科合作平台，提高了门诊诊疗效能，缩短了患者住院时间。
与北京大学病理系联合，依托北京大学雄厚的技术力量，使淋巴瘤的诊断规范化、国际化。积极与美、英等国专家合作，采用先进的治疗方案和措施对淋巴瘤患者进行诊治，并通过检测其微小残留病变指导患者的后期监测和维持治疗。血液科与在MALT型淋巴瘤研究方面处于世界领先地位、使用抗生素治疗胃MALT淋巴瘤成为淋巴瘤治疗史上突破性进展的英国剑桥大学病理系合作，采用世界先进的技术方法对MALT型淋巴瘤患者进行了t(11;18)检测，以指导抗生素治疗，并取得了初步成果;在MALT型淋巴瘤的治疗方面积累了丰富的经验，在国内处于领先地位。
血液科自1989年始开展自体骨髓移植，1991年在国内率先开展了自体外周血造血干细胞移植术，近年来又开展了异基因骨髓移植治疗恶性血液系统疾病。截止目前，我科已进行了200余例自体干细胞移植及异基因干细胞移植，显著改善了白血病、骨髓瘤及淋巴瘤等疾病的预后。接受治疗的移植患者随访至今。据最新统计：急非淋白血病的5年总体生存率达74.78%，淋巴瘤的5年总体生存率达83.33%，骨髓瘤的疗效也明显好于单纯化疗。
血液科自1979年即设立了独立的血液病研究室，其技术在国内处于领先水平，可进行骨髓分类及各种血液病的常规检查。同时，我们开展了HLA组织配型，染色体核型分析，荧光原位杂交(FISH)，白血病融合基因检测，基因突变检测等多项实验室检查。
