北京地坛医院感染性疾病诊疗中心成立于2004年，中心下辖感染一科、感染二科（共有病床68张）和皮肤、性病门诊。该中心收治除单纯结核病以外的所有传染性疾病。中心共有医护人员68名，其中正主任医师5名，副主任医师5名，主治医师8名，主管护师5名。
该中心在各种传染病的诊断鉴别诊断，尤其是发热待查、腹泻待查、皮疹待查、黄疸待查、肝功异常原因待查及中枢神经系统感染等方面积累了丰富的经验；在重症传染病，如暴发性流脑、乙脑、重症流行性出血热、SARS等传染病的抢救治疗方面有着较高的水平，在病毒性肝炎的抗病毒治疗、慢性肝病、肝硬化及其并发症的诊治方面亦有很深的造诣。在承担着北京市急性传染病收治任务的同时，中心还承担着北京大学医学部传染病教学、实习任务，全国传染病专科医师的进修任务，该医院年轻医师的传染病临床教学任务以及北京市重大传染病的培训任务。
中心的艾滋病专业是北京市重点学科，全国艾滋病临床培训基地，国家级艾滋病药物验证基地，在艾滋病的诊断、抗病毒治疗，机会性感染治疗等方面居国内领先水平，支气管镜对肺部疾病的诊断、肠镜、胃镜对消化道疾病的诊断、眼科口腔科的加盟将为艾滋病患者提供更优良的服务。中心具有判断治疗失败、合理更换抗病毒治疗方案的能力，同时对新开展的抗病毒治疗患者具有强大的依从性支持，包括医生的指导和护士的咨询，在此治疗可以得到家庭式的关爱。该专业还承担着国内艾滋病专科医师的培训工作。
皮肤性病门诊是皮肤病、性传播疾病和艾滋病筛查及抗病毒治疗的综合诊疗科室，其中性传播疾病和艾滋病的抗病毒治疗为其专科特色，同时诊疗各种皮肤疾病，特别是对各种感染性疾病相关皮肤表现有相当丰富经验。目前已经成为北京地区最大的治疗性传播疾病的专业医疗机构，开设有皮肤病门诊，性传播疾病及泌尿生殖道感染专科门诊、艾滋病专科门诊、以及性病艾滋病心里咨询门诊等专科医疗服务。
作为北京市主要的收治急性传染病的收治医院，中心还多次参与了卫生部和北京市重大传染病预案的制定，承担了国家和北京市的传染病疫情的处置。多次圆满完成了北京市突发传染病疫情的收容任务。
多年来，该中心还承担了多项国家及北京市课题，完成了多项科研任务，目前尚未完成的国家和北京市课题5项。近十年来，发表学术论文70余篇，主编了学术专著3部，科普读物5本，传染病教材4本。获国家科技成果二等奖一项，中华医学成果二等奖一项，北京市科技成果一等奖一项，二等奖二项，三等奖一项，北京市卫生局科技成果二等奖一项。
