感染和临床微生物科正式成立于2006年，实现临床感染病学与微生物检验捆绑式发展。现有医生17人、临床微生物检验人员12人。其中博士后3名，博士10名、硕士6名。我科室是国家卫计委主办“细菌真菌感染诊治培训项目(培元计划)”全国六家医院之一。
感染和临床微生物科设置感染科专家门诊、普通门诊和急诊。主要诊治各种感染性疾病，包括呼吸道感染、泌尿系统感染，并对国家法定传染病进行分检预警。工作日每天设立感染科专家门诊，由临床经验丰富的副高职称以上人员出诊，主要诊治疑难、复杂的感染性疾病。全年均设置感染科普通门诊。夜间感染科急诊由经过专科培训的感染科主治医师以上人员出诊。每年4-10月设立肠道门诊，诊治急性腹泻。
感染和临床微生物科为外院及院内各科室提供会诊。病房13张床，主要收治各种感染性疾病，包括呼吸道感染、复杂泌尿系感染、中枢神经系统感染、菌血症(包括亚急性心内膜炎)、皮肤软组织感染、免疫缺陷(器官移植术后、肿瘤放化疗、结缔组织病激素和免疫抑制剂、HIV)继发感染;发热原因待查等。其中，疑难病例诊治是本科的特色。
微生物实验室负责全院微生物检验工作，并对外院送检的标本提供微生物检验服务。科室下设标本接种室、血培养室、真菌室、结核室、分离鉴定室、药敏室和分子室。细菌、真菌鉴定和药敏已达到国内较先进实验室的水平。
感染和临床微生物科相继承担了科技部十一五和十二五传染病重大专项分课题、国家科技支撑计划分课题、国家自然科学基金、教育部优秀人才项目等科研课题。在国内外知名医学杂志，NewEnglJMed、AnnInternMed、ClinInfectDis、EmergInfectDis、Chest、EurJClinMicrobiolInfectDis.、IntJAntimicrobAgents、DiagnMicrobiolInfectDis等发表论文50余篇。
科室特色
临床和微生物检验密接结合，是本科室的特色。北京朝阳医院感染和临床微生物科擅长各种感染性疾病的病原学诊断，以及根据病原学进行针对性的抗生素、抗真菌和抗病毒治疗。
1.流感、禽流感和甲型H1N1流感：感染和临床微生物科已经连续多年开展北京地区流感临床检测，建立了一整套流感快速诊断、早期抗流感病毒治疗的体系。
2.各种疑难下呼吸道感染，如：社区获得性肺炎经验性治疗效果不佳、人肺孢子菌肺炎、奴卡菌肺部感染、各种肺部真菌感染、耐药菌引起的院内获得性肺炎。
3.肺部阴影待查(疑似肺部感染)：肺部阴影，当感染和非感染性原因鉴别诊断困哪时，感染和临床微生物科可以通过肺组织病原学检查明确原因，对症治疗。
4.复杂泌尿系感染：大多数泌尿系感染经验性治疗有效，但是感染和临床微生物科的特长在于通过中段尿培养，明确病原学，针对性抗生素治疗。对于某些特殊细菌引起的泌尿系感染尤为擅长：如：肠球菌、念珠菌，等。
5.中枢神经系统感染(脑膜炎、脑炎)：本科室擅长对于各种脑膜炎进行病原学鉴别诊断，比如：结核性、化脓性、真菌性、病毒性。根据病原不同，采取不同的治疗。
6.菌血症(包括亚急性心内膜炎)：包括明确感染来源的菌血症，也包括原发性菌血症。对治疗亚急性感染性心内膜炎有经验，包括一些特殊类型心内膜炎，比如：与静脉注射毒品有关的心内膜炎，以肠系膜动脉血栓为首发症状的心内膜炎，等。
7.免疫缺陷继发感染：近年来与我院肾移植组、肝移植组联合治疗免疫抑制患者继发感染，积累丰富经验
8.发热原因待查。
9.微生物实验室病原学诊断能力强，包括：真菌培养和鉴定、血培养和危急报告。新开展的微生物检验项目包括：流感病毒核酸检测;降钙素原;G试验，GM试验，布氏杆菌凝集试验;难辨梭菌A毒素测定;流感A/B抗原快速检测;肺炎链球菌尿抗原快速检测;军团菌尿抗原快速检测。
