1998年，在北京市重点学科专项资助下，北京肿瘤医院组建“乳腺疾病防治中心”。2004年结构调整后，更名为“乳腺癌预防治疗中心”，是北京肿瘤医院第一个强调单病种诊疗功能，而非治疗手段构建的与肿瘤内科、肿瘤外科、放射治疗科平行的一级临床科室。
乳腺癌预防治疗中心的任务是：依据循证医学原则，依据国际上相关领域内最新研究成果，更新观念、方法和技术手段，为就医者提供一流的规范化、专业化、人性化医疗服务，保障乳腺癌治疗的总体疗效。
目前由病区、门诊和临床实验室三部分组成，现有医护人员39人，医技人员3人。功能涵盖乳腺癌筛查、影像学引导的乳腺病变介入诊断、原发性乳腺癌外科治疗、成型、原发性乳腺癌术前与术后辅助化学与内分泌治疗治疗、治疗后的定期复查、复发性乳腺癌治疗和相关临床与基础研究。
乳腺癌预防治疗中心病区现有床位60张，以收治新诊断的原发性乳腺癌病例为主，完成必须住院进行的诊疗项目。门诊由专家门诊、专业门诊、介入诊断和日间病房组成。
2007年乳腺癌预防治疗中心接诊2万人次，其中首诊4000人，治疗新诊断原发性乳腺癌680余例。近年来乳腺癌预防治疗中心治疗了北京市约25%的原发性乳腺癌患者，住院治疗费用低于北京市三家医院的平均水平。
乳腺癌预防治疗中心处于国内领先的优势诊疗项目为：影像引导的乳腺病变介入诊断、前哨淋巴结活检、新辅助化疗与内分泌治疗、保留乳房治疗、Ⅰ期乳房成型。
乳腺癌预防治疗中心首任主任为林本耀教授，游伟程院长兼任第二任主任，欧阳涛主任医师为现任负责人(乳腺癌预防治疗中心副主任)
北京肿瘤医院“乳腺癌防治顺义分中心”介绍
2007年12月北京肿瘤医院与顺义区妇幼保健院正式合作挂牌成立“北京肿瘤医院乳腺癌防治顺义分中心”(以下简称“分中心”)。北京肿瘤医院乳腺中心的知名专家亲临分中心查房、教学、学术交流，每周定期出诊，使辖区及附近区县群众不出远门即可得到国内一流专科医院的高水平诊治。“分中心”在北京肿瘤医院专家及相关部门的帮助支持下，完全掌握了乳腺癌治疗新理念及规范化治疗手段，充分体会到合作的益处，及时查出了三姐妹乳腺癌，使广大患者逐步增强了对“分中心”的信任。
北京肿瘤医院组织乳腺中心专家在“乳腺分顺义中心”举办两场乳腺癌防治科普讲座，当地各级妇联、计生干部均参加讲座活动，听众达660余人次。组织迎“三八”专家义诊咨询活动1次，参与者300余人次。分中心下乡举办乳腺癌防治科普讲座4场，听众千余人次。已完成普查乳腺癌10971人次，每日200人次的普查仍在进行中，将持续到2008年10月，现已筛查出乳腺癌患者6人。普查及门诊筛查出的乳腺癌患者留院治疗比例大幅上升，由上年约30%留院上升为今年的80%以上。除本区患者外，朝阳、三河地区等外区县的患者也有慕名而来。收治的乳癌患者适合保乳的患者中有30%能够自主选择保乳治疗。
