安徽医科大学附属巢湖医院设立中医临床学科已有五十多年历史，在巢湖区域有着良好的口碑。目前有八名中医专业人员，其中主任医师1名，副主任医师2名，主治医师3名，医师2名。
中医科设有中医内科门诊、中医痔瘘门诊。
中医科以传统中医理论为基础，充分发挥中医药特色， 秉承中医传统理论，突出中医辨证施治特色与现代医学有机结合，在中医老年病、中医脾胃病、中医痹病、中医妇科、中医皮肤病及亚健康人群和癌症患者的康复支持方面有丰富的经验。
中医痔瘘科开展各类痔、肛裂、肛周脓肿、肛瘘、肛乳头瘤、直肠下端息肉等手术，特别是在环状混合痔、复杂性肛瘘方面有着丰富的经验。配合中药的内服、坐浴等方法，可加速术后创面愈合、减轻患者痛苦、提高临床疗效。
