藏医科位于该院门诊大楼二楼，该科设立于1978年，现在岗医务人员有：副主任医师然木秋，执医均有丰富的诊治理论和实践经验，并通晓藏汉语言文字。
藏医科在诊断疾病时，采取传统藏医的望、问、切三种诊病方法，并结合本院所配置的现代医疗设备及器械诊治各种疾病。
主治：肺心病、呼吸系统疾病、心脑血管、高血压等高原性疾病；神经系统病；胃、肠肝、脾、胆等消化系统疾病；类风湿、通风、关节炎等疾病；各种皮肤病；腰颈椎病痛及具有骨质增生；肾脏及其膀胱等泌尿系统疾病，对妇科、儿科、五官科的常见疾病也能进行初步诊治。
治疗按藏医内外治法，内治以内服药为主，依据各种不同病症进行辨证论治，配给不同种类、不同剂量的藏药。外治主要开展了火灸，放血等比较简单的藏医外治疗法。药房备有丸、散、汤剂等不同使用方法的藏医配方药物和七十味珍珠丸、仁青常觉、仁青芒觉等名贵藏药。藏药材采集自青藏高原无污染的原生态植物，按照传统藏医药配方和国家制药规则精工配制而成，对祛病健身具有独特疗效，欢迎广大患者前来就诊。
