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在临床工作中，医生经常会遇到这类问题：“大夫给我开了CT，听说核磁好，我是不是可以做核磁”、“核磁价钱贵，我能不能就做个CT”？其实，磁共振成像MRI和计算机断层扫描CT各有优势，不能互相替代。
MRI和CT的成像原理不一样。CT是利用X线穿透人体来成像；MRI则是利用人体内含有的氢质子发射出的信号成像。
CT检查基本上可用于全身各个部位，由于对体内出血、钙化、骨骼、空气以及脂肪等比较敏感，特别用于观察病变内出血或者钙化灶、骨骼病变如骨折、骨肿瘤及骨骼退行性改变等，在肺部检查、腹部检查等方面也有优势。另外，CT成像速度很快，特别适合进行心脏及大血管的显示，当然这需要向静脉里注射一定量的含碘造影剂。
MRI则在软组织检查方面优于CT，多用于神经系统病变包括脑梗死、炎症、肿瘤、脊髓炎、脊髓肿瘤、椎体病变等及腹部、盆腔、四肢软组织病变等。在某些部位，CT与MRI联合运用可以提高检查的敏感性，比如软组织病变但怀疑有出血钙化者。
MRI和CT各有不足。CT大的缺点是放射线损害，但只要没有超过国家规定的剂量，且注意防护，就是的。另外，CT在一些部位会有比较重的伪影干扰，比如后颅凹后脑勺。
MRI虽没有辐射，对比度也高，但大的缺点是检查时间比较长，因此对受检者的要求比较高。在检查时，被检部位不能动，特别是腹部、心脏部位的检查需要患者憋气5—20秒不等，否则不好。
CT没有的禁忌症，除了孕妇和新生儿要权衡利弊以外，在做好放射防护的前提下，几乎适用于所有人群。如果对碘过敏，则不能进行CT增强扫描。
MRI没有上述禁忌症，但是装有心脏起搏器、金属人工瓣膜的患者不能做，体内有动脉瘤夹、血管支架、人工关节、金属内固定等患者也不能做，除非这些材料说明书上特别注明可接受MRI检查。另外，由于核磁检查时间较长，噪音较大，对于不能配合的患者，如小儿、神志不清、幽闭恐惧患者，若不采取镇静措施，也不能做 MRI。
