病理科建科于1956年，经过数十年的不断发展壮大，现有工作人员14名，其中专家教授4名，中级职称4名，技术人员5名。基础设施齐全，技术设备精良，拥有先进Leica全套病理仪器。科室管理科学严格，具有整套规章制度和各种技术操作规程。全面开展临床病理学各项业务工作，临床病理诊断水平在西北地区乃至全国具有相当影响, 病理科还是全国病理远程会诊西北地区专家站。特别是在全身活体组织病理诊断检查、急诊和手术的冰冻切片诊断、穿刺细胞学和脱落细胞检查，系统病理尸体解剖病因及死因诊断等方面具有国内先进水平。年均病理活体工作量居西北前列。
科室为陕西省医学会疑难病理会诊中心，每年接收数千例疑难病理会诊，患者来自以陕西为中心，辐射全国18个省市的250个县级以上医院，影响十分广泛。科室开展以免疫组织化学为主的特殊染色技术解决了许多疑难病理诊断，并开展雌、孕激素受体等肿瘤标志物检查；开展核仁组成区嗜银蛋白染色及DNA测定技术对良、恶性肿瘤鉴别研究检测，率先在西北地区购置病理图象分析系统，使病理诊断水平有了明显提高。
自1990年以来，科室坚持开展的每周疑难病理切片读片会既解决了工作中的诊断问题，又是培养中青年病理医师行之有效的好方法，吸引了西安地区各大医院医师参加，在国内也仅有几家医院开展，被列入西安市医学会继续医学教育项目。陕西省病理质量控制中心挂靠本科。科室积累有大量内容广泛、病种齐全的教学切片、教学标本和会诊病例资料，曾举办六期疑难病理诊断及病理技术染色学习班，培养各类病理专业人才200余名。实验室还为近百名硕士、博士研究生指导完成实验研究工作。科室始终将常规工作与科研相结合，先后对地方性甲状腺肿、鼻咽癌、软组织肿瘤、胆囊癌前病变、大肠癌及淋巴瘤等开展了多方面的研究工作。在国内外共发表论文200余篇，获卫生部科研成果二等奖、国家计生委科技进步二等奖、陕西省科技成果一等奖、陕西省科技成果三等奖、陕西省医药卫生科技成果一等奖、三等奖共10项。
