儿童感染科成立于1983年，是浙南地区儿童感染性疾病及肝病诊治中心，浙江医学会儿科分会感染学组组长单位。现开设2个病区床位80张有独立的感染科门诊、肠道门诊，目前科室共有19名在编医师，其中正高职称4人，副高职称4人，中级职称4人, 住院医师7人，大多具备硕士研究生学历或学位，专业护理人员30余人。
各类感染性疾病的治疗是本科的重点，诊疗范围包括各类各种感染性疾病病、麻疹、手足口病、水痘等出疹性疾病、急性感染性腹泻、流感、流行性出血热、恙虫病、不明原因的发热等。科开展的经皮肝穿刺技术能为疑难肝病的诊断能提供准确的病理学依据，在诊治各类肝炎肝病如儿童病毒性肝炎、婴儿肝炎、自身免疫性肝病、药物性肝炎、脂肪肝等；肝脏遗传性疾病如肝糖原累积症、肝豆状核变性处于省内处于领先水平。
儿童感染科参与浙南地区感染性疾病及肝病领域疑难疾病的会诊。负责全院其他临床科室儿童感染性疾病的诊治、抗生素合理应用的会诊。科室同时承担院内外严重、疑难感染性疾病及发热待查病人的会诊。 科室努力贯彻以病人为中心，医疗、教学、科研为一体， 近5年来在国内外各级学术刊物上发表论文40余篇，其中SCI论文2篇。 获得各类科研基金8项。 在救治了大批肝病和感染性病人的同时，学科作为温州医科大学的儿童感染科实习点和浙江省的住院医师规范化培训基地，长期以来培养了一大批本科生、进修生及住院医师。
