普通外科是医院重点科室，由甲状腺和乳腺、胃肠、肝胆胰及血管外科四个专业构成，其中肝胆胰专业在全区处于领先地位。普通外科已开展腹腔镜下胆囊切除、腹腔镜下肝囊肿开窗、腹腔镜下阑尾切除及腹腔镜下胆总管切开取石引流术 217 例 , 手术成功率为 99% 以上 , 未发生任何手术并发症。目前我科正在引进超声刀，为腹腔镜下肝切除、胃肠切除及其胰腺切除等作技术上、物质上的准备工作。《胆囊癌组织发生与胆囊结石瘤的关系及胆囊癌早期诊断的研究》、《乳腺癌的早期诊断》、《肝段切除在肝脏外科中的应用》等分获得 1997 、 1998 和 1999 年内蒙科学技术进步三等奖。2002 年开展了内蒙古地区第一例人体肝脏移植，标志着我区肝胆胰外科及器官移植已经进入了全国先进行列。
