自1953年南京市儿童医院建院以来就有消化科雏形,随着五十多年的发展该科已成为一独立而且功能齐全的专科。承担着南京及周边地区绝大部小儿消化系统疾病的医、教、研、防等各项工作。住院床位四十张。开设有消化科门诊和主任门诊。