97年以优异成绩考入华西医科大学，攻读定向博士学位。在著名眼科学家严密教授的指导下，终于掌握了以腺病毒为载体的基因治疗的主要技术，并取得了对视网膜光损伤的明确疗效优良的学习成绩和精益求精的作态度得到了广泛的认可，被评为优秀博士生并获奖学金。在好奇心和责任感的驱使下，他在一接触临床工作就开始了研究。在参加工作不到一年的1992年就成功开题并获得资助，第一次精确测量了与白内障手术有密切关系的人眼晶状体囊膜的强度，并首次成功的通过高渗剂使囊膜的强度得到了提高。这项研究获得94年北京市卫生局二等奖并在美国JoumalofCataractandRefractlveSurgely发表。94年他负责的角膜移植多因素综合分析课题获得了首医基金资助。在临床工作中，杨勋大夫创造了缝针后部反光取角膜深层异物的新方法，临床应用取得良好效果，一次取出率达到了100％，论文在美国American Joumalof Ophthalm010gy发表。他及眼外伤专科其他专家们还通过螺旋CT深入研究泪小管的解剖，首次得出泪小管断端深度与断裂泪小管长度间的对应关系，并在此基础上，使一期泪小管断裂的吻合成功率接近100％。新近他们还将国际上最先进的显微眼内窥镜应用于临床，成功进行了睫状体异物的取出和睫状体光凝等眼内手术，取得较好疗效。
杨勋大夫还努力促进科技成果的产业化。他在2001年获得了3项国家专利发明的授权，其中1项获得了科技新星计划的数十万元贫助。
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